Mantar Yetiştiriciliğinde hastalıklarla karşılaşabiliriz. Herşeyden önce sağlığımıza dikkat etmemimiz gerektiğini bilmeliyiz ve bunun yanında yetiştiricilikde karşımıza çıkabilecek zararlardan kendimizi korumalıyız. Pastörizasyon veya sterilizasyonu iyi yapılmamış bir kompost daha başlangıçta elden çıkmaya mahkumdur. Üstelik böyle bir kompostu üretime almak hastalığın tüm işletmeye yayılmasına neden olacaktır. İşletmede kullanılan su çeşitli hastalık ve zararlıları taşıyabilir. Miseller virüsle bulaşık olabilir, yetiştirme ortamının havalandırması iyi olmadığı takdirde fungus, bakteri, böcek ve virüs zararı görülebilir. Bu bakımdan pastörizasyona dikkat edilmeli, işletmede temiz su kullanılmalı, çevre temizliğine önem verilmeli, havalandırma bölümlerine filtre yerleştirilmeli, konusunda hassas,temiz iş gücü kullanılmalı. Konusunda hassas, temiz iş gücü kullanılmalı, kullanılan alet ve ekipmanların temizliğine özen gösterilmelidir.